Από τα 120 περίπου στελέχη του HPV που προσβάλλουν τον άνθρωπο, 40 θεωρούνται σεξουαλικώς μεταδιδόμενα, προσβάλλουν δηλαδή την πρωκτογεννητική περιοχή και τη στοματοφαρυγγική κοιλότητα.

Σύμφωνα με την Κλινική του Κλίβελαντ, το στέλεχος που προσβάλλει συχνότερα τη στοματοφαρυγγική κοιλότητα είναι το 16. Πρόκειται για ένα από τα στελέχη υψηλού κινδύνου, καθώς συνδέεται με τον καρκίνο του στόματος και του φάρυγγα. Περίπου στα 2/3 του συνολικού αριθμού των καρκίνων του στόματος και του φάρυγγα εντοπίζεται DNA του ιού HPV.

Τα διαθέσιμα ερευνητικά δεδομένα υποδεικνύουν ότι ο HPV που προσβάλλει τη στοματοφαρυγγική κοιλότητα μεταδίδεται κατά κύριο λόγω με τη σεξουαλική επαφή. Συγκεκριμένα, οι αυξημένοι δείκτες στοματικού σεξ φαίνεται να συνδέονται με τους αυξημένους δείκτες λοίμωξης, αν και διάφορες σεξουαλικές πρακτικές έχουν επίσης συνδεθεί με τον αυξημένο κίνδυνο μόλυνσης.

Ο κίνδυνος λοίμωξης αυξάνεται όσο αυξάνεται ο αριθμός των ερωτικών συντρόφων που θα αλλάξει κάποιος κατά τη διάρκεια της ζωής του, ανεξαρτήτως της σεξουαλικής συμπεριφοράς του ατόμου (π.χ. κολπικό σεξ, στοματικό σεξ).

Οι περισσότεροι άνθρωποι που έχουν μολυνθεί από τον HPV στην περιοχή του στοματοφάρυγγα δεν αντιλαμβάνονται τη λοίμωξη, καθώς δεν εκδηλώνεται με σαφή σημάδια και συμπτώματα. Η απουσία συμπτωμάτων δεν αποκλείει όμως τον κίνδυνο μετάδοσης του ιού.